תוכנית ניצנים מופעלת בגני הילדים העירוניים ע"י רשתות החינוך החרדי.
בתלמודי התורה ובגנים הפרטיים מופעלת התכנית ע"י משכל באמצעות הזכיינים "פתחיה" ורמת דוד".
בכיתות א' וב' בבתי הספר של החינוך העצמאי ו"מעיין החינוך התורני, ובמוסדות המוכש"ר והפטור מופעלת התכנית באמצעות עמותת "לביא".
הפעילות מתקיימת למשך שעתיים וחצי משעת סיום הלימודים בגני הילדים ולמשך שלוש שעות בבתי הספר.